自然人经营所得的个税核定征收是按照税法规定的计算方法计算的。具体计算方法如下：

首先，需要确定自然人经营所得的收入总额。收入总额包括应税销售额、其他应税收入和非应税收入三部分。

其次，需要减除相关的成本、费用和损失等支出。支出包括成本、费用和损失三部分。

最后，根据税法规定的税率和速算扣除数计算个人所得税应纳税额。

需要注意的是，自然人经营所得个税核定征收的计算方法与个人所得税汇算清缴的计算方法略有不同。个人所得税汇算清缴是按照全年的收入、支出情况进行计算，而自然人经营所得的个税核定征收是按照每个纳税期间的收入、支出情况进行计算。