企业在计算并申报所得税时，可以依据国家税务总局发布的《企业所得税法实施条例》中的规定，按照以下步骤计算和申报所得税中的三项经费扣除：
1. 确定应纳税所得额：应纳税所得额=全年应纳税收入总额-全年可扣除费用总额-非税收入总额。
2. 计算三项经费扣除：企业可以根据自己的情况，在应纳税所得额的基础上，按照规定的比例计算三项经费扣除。其中，研究开发费用扣除比例为50%，技术转让费用扣除比例为80%，职工教育经费扣除比例为2.5%。
3. 减免税额：企业可以根据自己的情况，申请享受各种减免税政策，如小型微利企业所得税优惠等。减免税额=应纳税所得额×减免税率。
4. 最终所得税额：最终所得税额=应纳税所得额×税率-减免税额。

在申报所得税时，企业需要填写《企业所得税年度纳税申报表》和相关附表，并按规定提交各种证明材料和凭证。同时，企业还需要按照规定的时间和方式缴纳所得税。