在合并形成非同一控制下的长期股权投资中，确定初始投资成本的方法如下：
1. 以购买价格确定初始投资成本：如果企业通过购买其他公司的股权来形成长期股权投资，那么初始投资成本就是购买这些股权所支付的价格。这个价格可以是以现金支付的，也可以是以其他非现金资产支付的。
2. 以公允价值确定初始投资成本：如果企业以非现金方式（如以其他公司的股权交换）获得长期股权投资，那么初始投资成本应该以交换时的公允价值确定。公允价值是指在公开市场上能够获得的交易价格。
3. 以净资产公允价值确定初始投资成本：如果无法准确确定初始投资成本，可以采用净资产公允价值的方法。这种方法是将长期股权投资的净资产公允价值作为初始投资成本。

需要注意的是，在确定初始投资成本时，应该考虑到相关的交易费用和其他相关成本。同时，还需要根据会计准则的要求进行披露和说明。